1636年发布第四次锁国令，又补充规定，西、葡人在长崎所生子女不许留在日本，违者处死。
1637年，岛原天草之乱爆发使幕府看到了天主教在日本国内影响的强大和深远，以及对自身统治的威胁，这促使幕府驱逐葡萄牙人的态度更为坚定。
1639年幕府发布第五次也是最后一次锁国令，禁止葡萄牙船来日，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。
至此，锁国体制最终确立，天主教也开始逐渐从日本消失，直到明治维新日本重新打开大门为止。