剿匪衙门统计，自湘西靖寇以来，共焚毁土寨125处，房屋数以万间计。斩土官36人，绿营将领9人，潜逃清官25人。至十二月底，剿匪过程中，太平军阵亡3900余人，新汉兵5000余。另有千户以下将领18人阵亡，土官4人。
军帅府及各镇将领对于大帅调拨如此多的兵马用于剿灭土司武装颇是不解，若将六镇兵用于贵州或湖南、湖北其余地方，短时间内定能继续扩大战果，甚至有望夺取两湖地盘。