但如此一来，他又担心部权过重而威胁皇权，又对应六部而设六科，对六部权力加以牵制及监督。这六科不隶属于任何部门，直接向皇帝本人负责。如此一来，六科不但掌握了参政议政的谏议权，还增加了监察弹劾权，朝廷文武百官无不受其监督。