苏俄政府对事变的反应
事实上，波罗的海舰队的不满情绪，特别是喀琅施塔得驻军的骚动迹象早就引起了苏俄政府的重视。为了控制这一不稳的局势，政府加强了情报侦察工作。共和国芬兰边界特别防卫部第二局情报处专门负责对喀琅施塔得的情报侦察，其活动范围遍及喀琅施塔得“所有的海军和陆军部队、他们的司令部、军事和苏维埃机关以及位于喀琅施塔得海防要塞区域的军需生产工厂和企业”。俄共（布）中央委员会甚至发出通函，号召所有的共产党员成为特别部的情报人员。到1921年2月底，特别部招募的情报人员已有176人，他们密切关注要塞的动态，指出可疑人物，经过特别部特派员的审查、总结，编成信息通报，送往特别部，直至中央。同时，有2554人被附属于第二局的登记处登记在案，他们大多被怀疑参加了反革命活动，受到审查。[42]政府以为，通过加强侦察工作，及时了解要塞的态势，就可以及时采取应对措施，从而防止不满情绪的扩散，控制整个要塞的局势。1920年12月11日，波罗的海舰队政治部主任博季斯鉴于舰队骚动的形势发布了一道重要命令，要求对舰队的政委干部作重要的“根本改变”，12月份替换25%的政委，接下来每月替换25%。[43]
但防范措施未能改变形势，如上所述，要塞的骚动仍在继续，直到2月28日两大战列舰的骚动惊动了苏俄高层。2月28日，时任革命军事委员会主席的托洛茨基拨通了彼得格勒的直通电话：“叫波罗的海舰队政治部主任博季斯听电话并立即予以答复。请通报波罗的海舰队事件的情况。有的地方存在不满是否属实？由于什么原因？……物质的还是精神的？造成不满的主要因素是什么？为什么到现在什么消息也没有？现在的局势如何？”[44]在状况尚不明朗的情况下，凭着三年内战的经验和直觉，苏俄高层认为喀琅施塔得事件应与政治反对派和国外帝国主义有关。当天深夜，彼得格勒国防委员会主席季诺维也夫在发给列宁的密码电报中把“塞瓦斯托波尔”号和“彼得罗巴甫洛夫斯克”号战列舰通过的决议形容为“社会革命党黑帮分子”的决议，并且“估计社会革命党已决定加速事件的发展。”[45]3月1日，托洛茨基再次致电博季斯，说：“最近在国外的出版物上经常刊登关于喀琅施塔得和波罗的海舰队阴谋起义的消息。所有以往的经验都说明，这种谣传是实际行动的先兆。因为阴谋的中心在国外，外国出版物的消息皆来自白卫军侨民界谋反的准备。比如，这样的情形曾发生于下诺夫哥罗德……必须立即同所有的主管部门讨论这一问题并采取必要措施。”[46]当天晚上，托洛茨基再次给博季斯以及阿夫罗夫（彼得格勒军区司令员）、库济明发去加急电报：“没有收到任何关于你们管辖部队最近情况的报告。提醒你们决不允许这种玩忽职守的行为，建议每隔12小时汇报一次所有的情况、值得注意的地方和采取的措施，在必要的情况下应汇报得更及时。期望收到报告。”[47]
在3月1日喀琅施塔得人集会后，俄共喀琅施塔得要塞党委立即召开会议，讨论用武力镇压决议支持者的可能性，与会者得出的结论是喀琅施塔得没有足够的可靠力量用于武力镇压。得知水兵骚动前来喀琅施塔得海军基地视察的加里宁也参加了这次会议。鉴于如此形势，3月2日3时30分，加里宁、季诺维也夫和拉舍维奇给托洛茨基发去了电报：“……我们现在确信，喀琅施塔得事件是起义的开端。我们估计事件将从今早开始迅速发展。需要得到您的帮助。”[48]3月2日，彼得格勒军区司令员阿夫罗夫命令由骑兵连、步兵营、炮兵排和佩杰尔戈夫斯基学员指挥连组成的187旅夺取奥拉宁包姆，因为这里是喀琅施塔得通往彼得格勒的唯一通道。晚上，187旅逮捕了驻扎于奥拉宁包姆的第一舰艇大队司令部的全体成员，他们本是准备给予喀琅施塔得人支持的。政府军成功地控制了奥拉宁包姆这一重要的战略要地。
3月2日，苏维埃彼得格勒委员会宣布喀琅施塔得事件为反革命性质，并要求喀琅施塔得人立即投降，如上所述，喀琅施塔得人对此加以拒绝。同一天，劳动国防委员会（原工农国防委员会，1920年4月改为现名）发布了由列宁、托洛茨基签署的政府公告，喀琅施塔得事件被宣布为“新白卫军的阴谋。旧俄将领科兹洛夫斯基和‘彼得罗巴甫洛夫斯克’号军舰发动的叛乱”，喀琅施塔得人通过的决议被称作“极端反动的、社会革命党的”宣言。政府给这一事件如此定性是考虑到了当时俄国大部分民众的心理的，从沙俄时代过来不久又刚经历了内战的俄国人对于沙俄，对于帝国主义厌恶不已，将事件定性为白卫军的阴谋，并且还是由前沙俄将领领导的，这就争取到了大部分俄国人的同情和支持，换句话说，也就为政府采取严厉的镇压措施找到了合法性依据。
在政府公告中，劳动国防委员会决定：“1.旧俄将领科兹洛夫斯基及其同谋不受法律保护；2.宣布彼得格勒市和彼得格勒省戒严；3.彼得格勒防区的全部政权转交给彼得格勒国防委员会。”[49]根据公告中的第一条决定，在3月4日深夜，科兹洛夫斯基一家（妻子、女儿和四个儿子）被捕。随后，喀琅施塔得兵变领导人及军事专家的亲属均被逮捕并被作为人质。就在当天，国防委员会发布了题为“对兵变者的警告”的通告，宣布他们逮捕了“喀琅施塔得叛乱”参加者的家属，“逮捕这些人质为的是解救那些被喀琅施塔得叛变者逮捕的同志，特别是波罗的海舰队政委库济明同志，喀琅施塔得苏维埃主席瓦西里耶夫同志和其他的共产党员”，“如果被捕的同志哪怕是头发掉了一根，那么上述人质将会人头落地！”[50]政府立即收到了临时革命委员会用无线电对此做出的回应：“……以彼得格勒卫戍军的名义，临时革命委员会要求在24小时以内释放彼得格勒委员会作为人质被捕的工人、红军和水兵的所有家人。喀琅施塔得卫戍军告知，喀琅施塔得的共产党员享有完全的自由，而他们的家人绝对不受侵犯，卫戍军并不想以彼得格勒委员会为榜样，因为在他们看来，哪怕是处于极端的仇恨中，这样的逮捕也是最为无耻和卑鄙的。”[51]
3月3日，彼得格勒国防委员会发布了对彼得格勒防区实施戒严的命令（由彼得格勒国防委员会主席季诺维也夫、国防委员会委员拉舍维奇和彼得格勒军区司令阿夫罗夫签署）：“军事委员会（国防委员会）命令：1.所有的军事、国家机关应特别注意防卫仓库、桥梁、车站、铁路、电报和电话线，为此应给予卫戍区长官以足够的军事力量。防卫不力的后果由相应机关的负责人和政委承担责任；2.所有彼得格勒市和彼得格勒省的执委会、区委会和苏维埃机关应采取一切果断措施在居民中广泛宣传戒严的实施；3.卫戍区司令在严格执行现有的规章、条例和规定的同时，应特别重视部队卫戍任务的执行；4.应采取一切措施维护彼得格勒市和彼得格勒省范围内严格的公民秩序，一切破坏行为应立即向军事委员会（国防委员会）报告。……部队如上街应持枪行动。一旦遭到反击就地枪决。命令自宣布之时生效。”