波罗的海三国独立迈出了第一步
1988年以后，各加盟共和国的民族主义普遍发展起来了，出现了许多以争本民族主权为宗旨的民族主义运动或组织，其产生的基础是广大群众对生活中的社会经济条件，对中央及地方行政领导的官僚行为、对民族政策和干部政策工作中出现的偏差不满，最初提出的口号也是要解决这些问题，但是，随着中央政权的衰弱和崩溃，民族分离主义迅速发展，波罗的海三国就是典型。
波罗的海三国的国际法地位特点与苏联其他加盟共和国是不同的，它们是在1939年《苏德互不侵犯条约》的基础上于1940年被苏联吞并的，美国和其他西方国家始终不予承认。波罗的海三国人对苏共推行的俄罗斯化政策不满，特别是拉脱维亚人和爱沙尼亚人，他们觉得在变成少数民族，如拉脱维亚，本民族人口占共和国人口的比例从1936年的75.5%下降到1970年的56.8%；爱沙尼亚，本民族人口占共和国人口的比例则相应从87.7%下降到68.2%。[79]1989年，在爱沙尼亚境内，爱沙尼亚人的比例减少到了61.5%，拉脱维亚人在拉脱维亚境内只占52%，只有立陶宛较好地保持了本民族的优势，占79.6%。[80]
1987年8月正值《苏德互不侵犯条约》签订的周年纪念时，波罗的海三国要求公布这个条约的秘密议定书，为大批被驱逐出境的受害者恢复名誉，1987年11月18日这个1918年拉脱维亚独立的日子被确立为民族节日，数以千计的群众不顾当局的警告上街游行，向里加的自由纪念碑献花，1988年2月16日，立陶宛独立70周年纪念日也发生了类似事件。
代表这种民族情绪的运动和组织也开始发展起来，1988年6月，立陶宛的激进民族主义运动“萨尤季斯”开始发展起来，开始提出一些政治要求，1988年夏他们多次举行群众大会，要求更多的社会民主、独立自主、社会公平，要求知道历史真相。8月23日，《苏德互不侵犯条约》签订周年纪念日，他们在维尔纽斯举行万人大会，说明这一运动得到了广泛的承认。立陶宛共产党中央委员会领导开始公开支持并参与“萨尤季斯”的活动，反对这一运动者企图阻止他们举行的未经批准的群众大会，但遭到攻击，共和国的政权因此出现危机，立陶宛共产党中央第一书记松盖拉被撤职，由支持“萨尤季斯”的布拉藻斯卡斯接替。1988年10月22～23日“萨尤季斯”召开成立大会，苏联许多加盟共和国和城市的代表参加了大会，在其决议中提出“立陶宛苏维埃社会主义共和国的主权应该包括：支配经济的一切部门、经济、政治，预算编制以及财政、信贷、贸易、税收和海关的政策”。[81]戈尔巴乔夫把这一组织看成是支持改革的力量，对其极端民族主义倾向估计不足。不久，立陶宛出现了与之相对立的国际主义者的“统一运动”，要求民族平等，使用俄语和立陶宛语两种语言作为官方语言，但得不到立陶宛共产党的支持。[82]
爱沙尼亚和拉脱维亚也出现了许多非官方的组织和人民阵线。波罗的海三国的最高苏维埃宣布本民族语言为官方语言，当时还没有提出退出苏联的问题。
在1989年3月举行的人代会选举中，“萨尤季斯”获得了立陶宛所得到的41个名额中的34个。在1989年5月第一次人民代表大会上，波罗的海沿岸各共和国代表团坚决主张实行共和国经济核算制，拟定了共和国经济独立草案，他们还坚决要求调查《苏德互不侵犯条约》的签订情况，并对该条约的后果进行评估。1989年中期“萨尤季斯”事实上获得了共和国的政权后，逐渐变成了主张国家脱离苏联的力量。
1989年8月23日《苏德互不侵犯条约》签订50周年，“萨尤季斯”组织了名为“波罗的海之路”的政治活动，三国居民组成几百公里的“波罗的海人链”把三国的首都连接起来，三国有1/5的居民走上街头，“几乎所有的普通劳动者都不接受斯大林于1939年强加的这个强制性的联盟，渴望独立。结果，在这种情况下民主已从戈尔巴乔夫保证国家统一的同盟者变成了敌人。改革首倡者面临一个两难的抉择：要么是可保证群众自由发表意见的民主的深入，要么是保住联盟”。[83]戈尔巴乔夫选择了民主。戈尔巴乔夫开始否认存在《苏德互不侵犯条约》的秘密议定书，但又在苏联第一届人代会上设立了以雅科夫列夫为主席的调查委员会。1989年12月雅科夫列夫作为苏共中央国际政策问题委员会主席在第二届苏联人代会上做了“关于对1939年缔结苏德互不侵犯（莫洛托夫—里宾特洛甫）条约时的情况和法律后果的总结报告”，这是苏联第一次承认苏德条约还有瓜分东欧和波罗的海三国的秘密附加协定，人代会就此做出决议：“苏联人民代表大会谴责1939年8月23日签订《秘密补充议定书》的事实以及与德国签订的其他秘密协议。大会认定秘密协议自签订之时起在法律上无效，不具有约束力。这些议定书并不能为苏联同第三国的相互关系构建新的法律基础，但却被斯大林和他周围的人用来向其他国家提出最后通牒或施加压力，以破坏对它们的法律义务。”[84]这样一个决议，证明了苏联对波罗的海三国的占领不合法，无异于鼓励波罗的海三国从苏联分离出去。1989年12月20日立陶宛共产党二十大宣布该党脱离苏共而独立。
1990年1月立陶宛共产党决定脱离苏共而召开非常中央全会，1月11日，戈尔巴乔夫偕夫人到立陶宛，同各方人士进行接触，劝说他们留在联盟内，“分离会损害各族人民的利益。独立自主、重新划分权限、非集中化都是对的。但是要保留合作和相互配合。批评联邦制没有意义，这一制度在我国从来没有过，我们至今一直生活在单一制的国家中。让我们先在现在的联邦制中生活吧，以后再确定去向。我们可借鉴世界联邦制国家的正面经验”。[85]但这是无法完成的使命。“无论结局如何，失败实际上是不可避免的。1990年1月，亚佐夫以军人的方式一语道破其中的实质：‘要是有一个共和国分离出去，戈尔巴乔夫就会完蛋，可他要是使用武力加以制止呢，那同样也会完蛋’”。[86]戈尔巴乔夫的劝说没起作用，他离开立陶宛时明白，立陶宛人决心独立了。
1990年3月，在立陶宛举行的最高苏维埃选举中，维尔纽斯国立音乐学院兰茨贝基斯教授领导的民族主义运动“萨尤季斯”获胜，兰茨贝基斯被选为立陶宛最高苏维埃主席，在他的提议下，立陶宛议会于1990年3月11日通过了《关于恢复立陶宛独立地位的宣言》，据此，立陶宛苏维埃社会主义共和国更名为立陶宛共和国，苏联宪法在共和国内失效，立陶宛还把在立陶宛的所有企业收归共和国所有。